TECNOLOGIE BIOMOLECOLARI CON ELABORATORE

Corso integrato: BIOFISICA II e MODELLI DI SISTEMI BIOLOGICI
(Secondo semestre, IV anno)          
(100 ore  comprensive di laboratorio computazionale) 
Fondamentale dell'Indirizzo Biotecnologico Industriale 

Docenti: Prof.Rita Casadio, Prof. Piero Fariselli

Scopo:  fornire gli elementi essenziali per l'analisi di sequenze e la
costruzione di modelli tridimensionali di acidi nucleici e proteine.

Esame: test scritto ed orale.


Ricerca  in  banche  dati di acidi nucleici, sequenze e strutture
proteiche. Uso di computers connessi in rete tramite Internet.
Confronto di sequenze in modo automatico tramite programmi basati sul 
riconoscimento  delle  regioni  di  elevata  omologia locale (FASTA,
BLAST).  Riconoscimento ed analisi di patterns caratteristici nelle
sequenze di acidi nucleici.  Predizione di regioni codificanti nei
genomi mediante metodi statistici e probabilistici. Allineamento di
sequenze a coppie (programmazione dinamica). Allineamenti  multipli 
di  sequenze  aminoacidiche  di  proteine  mediante (ClustalW).
Costruzione di alberi filogenetici. Predizioni di strutture secondarie
a partire dalla sequenza primaria. Costruzione di modelli di strutture
terziarie. Ruolo  della  mutazione  sito  specifica simulata.
Costruzioni di modelli  tridimensionali di proteine non
cristallizzate, mediante metodi basati sulla ricerca dell'omologia di
sequenza.   Uso di programmi di docking per lo studio 
dell'interazione   tra  piccole  molecole  e  proteine.  Uso della
dinamica molecolare.

Testi consigliati:
1) BioComputing Hypertxt Coursebook
http://www.gene.com/ae/AB/GG/biotechnology.html
2)The Principle of Protein Structures using Internet (1997)
http://www.cryst.bbk.ac.uk
3) Bishop  MJ  and  Rawlings  CJ (1997) DNA and Protein Sequence
Analysis. IRL PRESS, Oxford.
4) Sternberg MJE (1997) Protein Structure prediction. IRL
PRESS,Oxford.